Vi khuẩn là những đơn bào không có màng nhân (procaryote) và cùng với virus hợp thành môn Vi sinh vật học, tiếng Anh gọi là Microbiology (theo tiếng Hy lạp, mikros là bé nhỏ và bios là sinh vật).
Vi khuẩn có đầy đủ các đặc điểm của một sinh vật, nhưng virus thì không hoàn toàn.
Virus không có cấu trúc tế bào (dưới tế bào), genome chỉ chứa một trong hai loại acid nucleic, ký sinh bắt buộc trong tế bào cảm thụ, sinh sản theo cấp số nhân và di truyền được nòi giống; kích thước rất bé (từ 10 nm đến 300 nm) và chỉ nhìn được dưới kính hiển vi điện tử, vị trí phân loại của virus chưa rõ ràng; chúng được nghiên cứu trong môn Vi sinh vật học.
Prion, một loại mầm bệnh mới đơn giản hơn virus (Virus-like agents- Prions). Vào những năm 90 của thế kỷ XX, một tác nhân gây bệnh mới đã được phát hiện là prion. Prion là những protein không bình thường, nó đề kháng cao với nhiệt độ và phần lớn các hóa chất sát trùng. Prion xuất hiện trong các con bò điên (BSE) và gây lan truyền sang bò khác và gây bệnh cả cho người. Bệnh Creutzfeldt-Jakob (CJD) ở người cũng có các biểu hiện tương tự như bệnh bò điên. Đến 03-04-2005 trên toàn cầu đã có 154 người bị bệnh này và chỉ còn 5 người sống. Prion khi xuất hiện ở bò hoặc người đã kích thích một gen trong tế bào thần kinh sản xuất một protein gần như prion làm cho não bị xốp và bị phá huỷ, dẫn tới xuất hiện triệu chứng bệnh.
Rickettsia, Chlamydia và Mycoplasma là những vi khuẩn ký sinh nội bào bắt buộc (trước đây xếp loại chúng vào nhóm vi sinh vật trung gian giữa vi khuẩn và virus).
Rickettsia là những vi sinh vật bé hơn vi khuẩn nhưng lớn hơn virus. Chúng cũng ký sinh nội bào bắt buộc như virus, nhưng chúng có nhiêu đặc điểm của vi khuẩn hơn (có cấu trúc tế bào, có hai loại acid nucleic, nhưng thiếu một số enzym hô hấp năng lượng), có thể quan sát dưới kính hiển vi quang học (kích thước trung bình 0,25 X 1 um).
Chlamydia có những đặc điểm như Rickettsia nhưng bé hơn (khoảng 150 nm), là một tác nhân gây bệnh quan trọng (mắt hột và nhiễm trùng đường sinh dục tiết niệu).
Mycoplasma chỉ khác Rickettsia là không có vách, nên cùng được xếp vào các vi khuẩn ký sinh nội bào bắt buộc.
Vi sinh vật học lại bao gồm nhiều phân môn như: vi sinh vật thổ nhưỡng, vi sinh vật thú y, vi sinh vật thực vật, vi sinh vật công nghiệp và vi sinh vật y học.
Vi sinh vật y học (tiếng Anh là Medical Microbiology) là môn học chuyên nghiên cứu về các vi sinh vật gây ảnh hưởng tới sức khỏe con người, về cả mặt có lợi và có hại cho sức khỏe. Vi sinh vật y học lại bao gồm các tiểu phân môn, như: vi khuẩn học (Bacteriology), virus học (Virology), Miễn dịch chống nhiễm trùng, di truyền vi sinh vật, vi sinh vật và môi trường, kháng sinh và hóa trị liệu, huyết thanh học (Serology) v.v… Tất cả các nội dung này, sinh viên sẽ được nghiên cứu trong quá trình học tập ở trong và sau đại học, với các mức độ khác nhau.
