Đơn vị phần loại của vi sinh vật nằm trong hệ thống phân loại của sinh vật và bao gồm:
- Giới (kingdom): ví dụ giới động vật, giới thực vật. Tên gọi lấy theo đặc điểm chính của giới bằng chữ Hy Lạp hoặc Latin.
- Ngành (division hoặc phylum)
Dưới ngành (subdivision)
- Lớp (class), dưới lốp (subclass)
- Bộ (order): Tên gọi lấy tên họ chính và tận cùng bằng chữ -ales. Ví dụ Pse udomonadales.
Bộ phụ (suborder) hay dưối bộ, tận cùng bằng chữ -ineae. Ví dụ Rhobacterineae.
- Họ (family): Tận cùng bằng chữ -aceae. Ví dụ Enterobacteriaceae. Dưới họ (subfamily): tận cùng bằng chữ -oideae.
- Tộc (tribe): Tận cùng bằng chữ -eae.Ví dụ Escherichieae.
Dưới tộc (subtribe) tận cùng bằng chữ -inae.
- Giống (genus hoặc genera): ví dụ Staphylococcus, Salmonella…
- Loài (species): đây là đơn vị phân loại cơ bản nhất, tên khoa học của loài thường đặt kép, tên giống trước và tên loài sau. Ví dụ Staphylococcus aureus.
Các đơn vị dưới loài:
- Thứ (variety): chỉ một nhóm nhất định trong loài. Ví dụ Mycobacterỉum tuberculosis var. hominis - vi khuẩn lao người.
- Dạng (type hoặc forma): chỉ nhóm nhỏ dưới thứ. Ví dụ Streptococcus pneumoniae týp 14.
- Chủng (strain): chỉ một vi sinh vật của một loài mới được phân lập. Nó mang theo ký hiệu của giống, loài và chủng. Ví dụ Staphylococcus aureus ATCC 1259.
Trong vi sinh vật y học chủ yếu người ta dùng các đơn vị phân loại: họ, tộc, giống, loài, týp và chủng.
